Il 1° dicembre 2009 entra in vigore il “Trattato sul funzionamento dell’Ue” detto Trattato di Lisbona, recante modifica dei Trattati precedenti concepiti per una comunità di sei Paesi membri, inteso a rendere l’Unione Europea più efficiente e trasparente, e quindi in grado di far fronte alle sfide globali quali il cambiamento climatico, la sicurezza e lo sviluppo sostenibile, dell’Unione a 27 Stati membri. 
Il Trattato raggrupperà i precedenti trattati e quindi soltanto l’Unione europea avrà la completa competenza legale, mentre non esisterà più la Comunità europea.
Il Parlamento europeo condividerà con il Consiglio dei ministri le decisioni comuni in un maggior numero di casi, in particolare gli atti legislativi riguardanti la politica agricola comune verranno approvati con il procedimento della codecisione: i membri del Parlamento europeo eletti dai cittadini a suffragio universale avranno in questo modo un’influenza molto maggiore sul processo legislativo e sul bilancio comunitario.
Con la nuova iniziativa popolare, un milione di cittadini da più Stati membri  potranno invitare la Commissione a presentare nuove proposte politiche: per la prima volta, i cittadini potranno quindi influenzare direttamente il processo legislativo dell’Unione. Affinché i cittadini possano comprendere meglio come l’Ue prende le sue decisioni, le sessioni del Consiglio dei ministri relative all’esame e alla votazione dei progetti di legge saranno pubbliche.
A livello del Consiglio dei ministri, il voto a maggioranza qualificata si sostituirà più spesso al voto unanime; ciò permetterà di accelerare l’adozione dei provvedimenti rendendoli quindi più efficaci. A decorrere dal 2014, la maggioranza qualificata verrà raggiunta con il voto favorevole di almeno il 55% degli Stati membri rappresentante almeno il 65% dei cittadini dell’Unione. Le decisioni godranno cosi di una doppia legittimità.
Il Trattato prevede la nomina di un Alto rappresentante dell’Unione per gli affari esteri e la politica per la sicurezza, nonché vicepresidente della Commissione (carica già assegnata alla britannica Catherin Ashton), per promuovere l’azione dell’Ue sulla scena internazionale e per tutelare meglio gli interessi e i valori comunitari al di fuori dell’Unione.
Per garantire continuità e coerenza ai lavori, il Consiglio europeo elegge un presidente per non più di cinque anni (carica già assegnata al belga Herman Von Rompuy), ciò dovrebbe  migliorare la visibilità e la coerenza delle azioni comunitarie.
Il Presidente della Commissione continuerà ad essere eletto dal Parlamento europeo, su proposta del Consiglio europeo.
Il Trattato attribuisce una particolare importanza alle politiche di due settori: il cambiamento climatico, attraverso una priorità all’obiettivo comunitario di promuovere lo sviluppo sostenibile in Europa, grazie ad un elevato livello di protezione e di miglioramento dell’ambiente; l’energia, prevedendo nuove disposizioni che garantiscono il buon funzionamento del mercato dell’energia, in particolare per quanto riguarda l’approvvigionamento energetico, l’efficienza energetica e le economie di energia, nonché per quanto attiene allo sviluppo di fonti di energie nuove e rinnovabili.
Infine il Trattato istituisce la Carta dei Diritti fondamentali dei cittadini europei riconoscendo i diritti, le libertà e i principi contenuti nella Carta dei diritti fondamentali e la rende giuridicamente vincolante. Inoltre,  per la prima volta, il trattato di Lisbona riconosce espressamente agli Stati membri la possibilità di recedere dall’Unione.
Il trattato è stato firmato il 13 dicembre 2007 e per la sua entrata in vigore è stato necessario attendere la ratifica da parte di tutti i 27 Stati membri dell’Unione europea.